Nació en Zamora en 1418 y era el segundo hijo de Juan Alonso de Ulloa, consejero real de Juan II de Castilla. Hermano de Beatriz Fonseca y, por tanto, tío de Pedro de Castilla y Fonseca.

Cuando ya era arzobispo de Sevilla, casó a Enrique IV en segundas nupcias con Juana de Portugal en 1454. En 1460, movió los hilos con el rey y con el Papa para que su sobrino-nieto Alonso de Fonseca y Acevedo fuera nombrado Arzobispo de Santiago de Compostela.

En 1464, el arzobispo de Sevilla acudió a Burgos a la reunión nobiliaria. Sin embargo, cuando estalló la guerra civil, Fonseca es un hombre leal a Enrique IV.