Nació en Xativa, Valencia, y los cronistas de la época le describen como ambicioso, estratega, mujeriego. Fue obispo de Valencia desde 1458 y participó en los cónclaves de 1458, 1464 y 1471, donde fueron elegidos papa respectivamente Pío II, Paulo II y Sixto IV.

Padre de un número sobrado de hijos, no dudó en otorgarles cargos y ministerios rentables siendo ya papa. De madre de identidad desconocida, nacieron Girolama, Isabel y Pedro Luís. Siendo ya cardenal, hacía 1467, tuvo por amante Vannozza Cattanei, de cuya relación nacieron Juan, César, Lucrecia y Jofré. Tuvo otros dos hijos de su tercera amante estable, Julia Farnesio. A todos los utilizó para sus planes políticos. César se convirtió en su brazo militar mientras que la bella Lucrecia fue el señuelo matrimonial para conseguir aliados.

Borja fue el legado especial enviado por Sixto IV para averiguar si los príncipes Fernando e Isabel le apoyarían en su defensa de la Cristiandad ante la creciente amenaza turca.

El príncipe lo recibió en Valencia y lo agasajó con banquetes y celebraciones, durante las cuales también se entrevistó con el obispo Mendoza. Posteriormente visitó a Fernando e Isabel en Alcalá de Henares. Gratamente impresionado por la pareja, envió buenos informes a Sixto IV, que a partir de este momento apoyó su causa en la sucesión de la corona castellana.

Borja también trajo el capelo cardenalicio para Pedro González de Mendoza, hecho que resultó fundamental para el giro de la familia Mendoza a favor de los príncipes ya que el legado le hace saber al nuevo cardenal que no lo sería si la pareja no hubiera intercedido por él.

Agudo en la palabra, es un maestro del engaño y gran embaucador, como demuestra que dejara todo bien atado en su viaje a Aragón y Castilla, pero que todo explotara tras su marcha.

Negociador y dotado para la política, era hombre de gran curiosidad y observación. Se creía capaz de conocer a las personas por una primera mirada, de saber lo que no le querían decir a través de lo que le decían. Probablemente, sólo Fernando de Aragón estuviera a su altura en tales menesteres psicológicos, cosa que le sorprendió sobremanera.